Die Untersuchungen umfassen vier Modellarten aus den Gattungen Bombus, Lasioglossum und Halictus. Für jede Art werden Populationen aus den vier Regierungsbezirken Baden-Württembergs einbezogen. Die Auswahl der Standorte basiert auf Daten des landesweiten Insektenmonitorings Baden-Württemberg, das seit 2018 durchgeführt wird, und berücksichtigt Unterschiede in der umgebenden Landschaft sowie in der Habitatvernetzung.
An den Monitoringstandorten erfolgt die Erfassung in einem vierjährigen Turnus. Für BeeConnect stehen dadurch Proben aus zwei Erhebungszeitpunkten mit einem zeitlichen Abstand von vier Jahren zur Verfügung. Durch den Vergleich dieser Zeitpunkte können neben räumlichen Unterschieden zwischen Populationen auch zeitliche Veränderungen der genetischen Vielfalt betrachtet werden.
Die Kombination verschiedener Standorte, Landschaftskontexte und Erhebungszeitpunkte ermöglicht es, genetische Muster sowohl räumlich als auch zeitlich zu analysieren und mit der Habitatvernetzung in Beziehung zu setzen.